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挖掘冠状病毒基因组以寻找爆发起源的线索

那串明显的胡言乱语不过是什么:它是病毒病原体的DNA片段的片段,被称为2019年新型冠状病毒(2019-nCoV),它淹没了中国并使整个世界感到恐惧。科学家们正在公开共享来自患者的越来越多的完整病毒序列-在共享所有流感数据全球倡议数据库中,这一数字最近为53。正在对这些病毒基因组进行深入研究,以试图了解2019-nCoV的起源以及其如何与蝙蝠和其他物种中发现的相关病毒的家谱相适应。他们还瞥见了这种新发现的病毒的物理外观,变化方式以及如何阻止它。

华盛顿大学和弗雷德·哈钦森癌症研究中心的生物信息学专家特雷弗·贝德福德说:“(从病毒序列中获得的最大的启示之一是,首先是向人类的介绍,然后是人与人之间的传播”。) 。尽管在中国武汉市的华南海鲜批发市场在传播2019-nCoV中的作用仍然模糊不清,但这种测序结合对市场环境中病毒的存在进行采样表明,它确实确实在放大该病毒方面具有重要的早期作用。暴发。大多数研究人员说,病毒序列也驳斥了这种病原体来自武汉一家病毒学研究所的想法。

总体而言,2019-nCoV具有将近29,000个核苷酸的碱基,这些碱基具有遗传指导书以生产该病毒。尽管它是许多以RNA形式存在基因的病毒之一,但科学家们将病毒基因组转换为DNA,并以A,T,C和G的缩写来简化研究。2019-nCoV的序列中的许多分析已经出现在virological.org,nextstrain.org,预印本服务器一样bioRxiv,甚至在同行评审期刊。中国研究人员对这些序列的共享使世界各地的公共卫生实验室都可以开发自己的病毒诊断方法,目前已经在其他18个国家中发现了这种病毒。(有关此疫情的《科学》新闻报道可在此处找到。)

当第一个2019-nCoV序列可用时,研究人员将其放置在已知冠状病毒的家谱上,该冠状病毒丰富且感染许多物种,并发现它与蝙蝠中的亲戚关系最密切。武汉病毒研究所冠状病毒专家史正立领导的研究小组于1月23日报道了bioRxiv2019-nCoV的序列与蝙蝠病毒有96.2%的相似性,与导致严重急性呼吸系统综合症(SARS)的冠状病毒有79.5%的相似性,这种疾病的首次爆发也是在15年前的中国。但是SARS冠状病毒与蝙蝠病毒有着相似的密切关系,序列数据有力地证明了它在与人类SARS病毒相差仅10个核苷酸的地方从冠状病毒跳入人们的视线。这就是为什么许多科学家怀疑蝙蝠与2019-nCoV之间存在“中间”宿主物种的原因之一。

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